L’INASEP travaille au quotidien avec bon nombre de partenaires :
- SPGE, Société Publique de Gestion de l'Eau
- AQUAWAL, Union professionnelle des opérateurs publics du cycle de l'eau en Wallonie
- EurEau, Fédération européenne des associations nationales de services d'eau
- Belgaqua, Fédération professionnelle représentant les services publics d'eau potable et d'assainissement des eaux usées de Belgique
- DGO3, Direction Générale Opérationnelle Agriculture, Ressources naturelles et Environnement
- SPW Mobilité et Infrastructures (Service Public de Wallonie)
- Contrats de Rivières en Wallonie
- Classes D’eau